Vaches fiévreuses, moucheron, patient mort à Lyon… : un virus animal infecte un humain, première mondiale
Des vaches fiévreuses dans l’Est, un lait qui s’effondre dès juin, puis un patient lyonnais mort début octobre. Selon Amphisciences, les autorités sanitaires ont annoncé le 22 octobre une première mondiale : le virus Shamonda, connu chez les bovins, a été détecté chez un être humain. Le suspect principal mesure quelques millimètres. Mais le vrai mécanisme du saut d’espèce se cache ailleurs que dans la piqûre.
Dans l’Est, des vaches malades dès juin, puis un patient à Lyon
Reprenons depuis le début. Le malade était hospitalisé aux Hospices civils de Lyon pour une pathologie grave, et son système immunitaire était très affaibli. Avant sa mort, début octobre, il aurait souffert de complications cérébrales.
D’après les autorités, elles sont « très probablement liées à l’infection par le virus Shamonda ». Son âge et sa maladie n’ont pas été rendus publics. C’est la première détection documentée de ce virus chez l’humain, dans le monde entier.
Côté animal, la piste mène aux élevages laitiers de l’est de la France. Dès juin, des vétérinaires y ont repéré des vaches avec de la fièvre, de la diarrhée et un grand abattement. Leur production de lait chutait nettement.
Le virus a été identifié d’une façon inhabituelle : en lisant tout le matériel génétique présent dans le sang des bêtes, sans savoir à l’avance ce que l’on cherchait. Un peu comme fouiller une bibliothèque entière pour trouver un titre dont on ignore le nom.
L’OMS et l’agence sanitaire européenne (ECDC) ont été prévenues. Les enquêtes cliniques, biologiques et épidémiologiques se poursuivent, avec une démarche « Une seule santé » qui réunit médecins, vétérinaires et spécialistes de l’environnement. Un virus animal qui touche un humain est exactement le cas pour lequel elle a été pensée, et ce que les autorités disent du risque pour vous mérite d’être regardé de près.
Reste une énigme : ce virus n’a rien d’un nouveau venu. Il circule depuis les années 1960, et son voyage jusqu’en Lyon est un vrai roman.
Du Nigeria au Japon, puis en Europe par deux portes à la fois
Le Shamonda a été identifié au Nigeria au milieu des années 1960. Il appartient aux orthobunyavirus, une vaste famille transmise par des insectes piqueurs, dans le groupe Simbu qui réunit plusieurs virus de ruminants. Pendant des décennies, il n’a touché que sporadiquement des bovins en Afrique.
En 2004, des chercheurs japonais l’ont signalé dans les troupeaux de l’archipel, une première hors d’Afrique. Puis il a disparu des radars une dizaine d’années. Son retour, entre décembre 2015 et avril 2016, a été plus sombre : quinze veaux malformés infectés, dont six nés morts.
Le danger concerne en effet les vaches gestantes, car le virus peut atteindre le fœtus. En 2026, il a gagné l’Europe : dès la mi-juin, des vaches du sud de l’Allemagne et de Suisse ont montré chute de lait, fièvre et diarrhée. Depuis, la Belgique, les Pays-Bas et l’Autriche l’ont signalé.
Une surprise est venue de son génome. Les chercheurs ont distingué deux lignées différentes, baptisées EU1 et EU2, qui ne circulent pas dans les mêmes régions. Le scénario le plus probable est celui de deux introductions indépendantes, et le chemin exact reste inconnu.
Les éleveurs ont une impression de déjà-vu. En 2011, près de Schmallenberg, en Allemagne, des vaches avaient présenté les mêmes symptômes, et un virus jusque-là inconnu avait été découvert. Un morceau de son génome était identique à 97 % à celui d’un Shamonda japonais.
Il n’existe, d’ailleurs, ni vaccin ni traitement contre le nouveau venu, et l’alerte lancée par l’Anses face à l’émergence d’un virus rappelle que ces menaces animales ne sont pas qu’un sujet d’éleveurs.
Reste à comprendre comment ce virus passe d’un animal à l’autre, puis à un humain. Le transporteur est un insecte de quelques millimètres : le moucheron Culicoides, le même qui propage la fièvre catarrhale ovine.
Comme le moustique, la femelle pique pour se nourrir de sang, avale le virus qui se multiplie dans son corps, puis le transmet à chaque nouvelle piqûre. Certaines espèces piquent aussi les humains, et l’hypothèse retenue est une piqûre reçue dans l’Est. Mais une piqûre ne suffit pas.
Pourquoi lui : quand le barrage immunitaire a cédé
Si l’ECDC tire déjà la sonnette d’alarme sur d’autres menaces sanitaires, ici le facteur décisif tient à un seul mot : l’immunodépression. Chez une personne en bonne santé, un virus animal mal adapté à l’humain est en général éliminé avant de faire des dégâts. Les défenses le freinent, puis fabriquent des anticorps qui le neutralisent.
Chez un patient lourdement immunodéprimé, ce barrage peut céder. Un virus qui n’aurait causé qu’une infection discrète a alors le champ libre pour se multiplier et atteindre le cerveau. C’est le scénario jugé le plus plausible pour le patient lyonnais.
Les médecins connaissent ce schéma avec d’autres orthobunyavirus. Aux États-Unis, un homme de 56 ans, en rémission d’un lymphome, a développé une encéphalite chronique et mortelle. Il avait reçu du rituximab de 2014 à fin 2017, un traitement qui détruit les lymphocytes B, les cellules qui fabriquent les anticorps.
Le coupable, le virus Jamestown Canyon, n’a été identifié qu’en séquençant tout le matériel génétique de son liquide céphalorachidien. Les tests habituels étaient restés négatifs, faute d’anticorps à détecter.
Les auteurs citent des cas semblables avec d’autres virus transmis par des insectes, dont le virus Cache Valley et celui du Nil occidental. Ces patients restent infectés plus longtemps que les autres. Cela explique qu’une infection exceptionnelle apparaisse d’abord chez eux, et qu’il faille des outils de pointe pour la repérer.
Voilà la réponse : un moucheron, un virus de vaches, et surtout des défenses effondrées. Mais que disent les autorités du risque pour tous les autres ?
Ce que l’on sait du risque, et ce que l’hiver va dire
À ce jour, aucun risque n’est identifié pour la population générale, selon les autorités. Elles insistent sur un « cas exceptionnel survenu chez un patient fortement immunodéprimé ». Aucune donnée scientifique ne documente de transmission par la viande, le lait ou leurs dérivés, même si les produits d’animaux malades restent exclus de la consommation.
Le précédent du Schmallenberg est plutôt rassurant. En 2012, en Allemagne, 60 bergers très exposés ont été testés, beaucoup ayant manipulé des agneaux malformés et presque tous disant avoir été piqués par des insectes. Aucun ne portait d’anticorps, et les chercheurs ont conclu à un faible risque pour l’humain. C’est aussi ce que cherche à faire valoir ce médecin qui rassurait sur une autre épidémie, avec la même prudence : la science avance par preuves.
Mais le Shamonda n’est pas le Schmallenberg, et c’est pourquoi les enquêtes continuent. Son génome diffère nettement du cousin sur le morceau qui code les protéines de surface, celles que visent les anticorps. L’immunité laissée par l’ancien virus protège donc sans doute peu les bovins contre le nouveau.
On ignore encore si d’autres personnes, en bonne santé, ont été infectées sans le savoir. Chercher des anticorps chez les plus exposés, comme chez les bergers allemands, serait une façon d’y répondre. Les vétérinaires, eux, guetteront aux vêlages de cet hiver les malformations observées au Japon.
Chaque nouvelle émergence relance aussi la question de ce qui nous attend, et ce que les médecins appellent la Maladie X en est un symbole. Pour l’instant, rien ne permet de relier les deux.
Un moucheron a transporté un virus de vaches jusqu’à un patient dont les défenses n’existaient plus : voilà la première mondiale, sans panique à ce stade.
Et si les animaux savent encore nous surprendre, cette bactérie animale qui intrigue les médecins et passerait d’un humain à l’autre n’est pas la moindre des énigmes.
Quant à ceux qui aiment les dates qui font frissonner, la date exacte de la fin de l’humanité qu’un scientifique avait calculée promet un tout autre vertige.