Chauve-souris au Kenya : un coronavirus inconnu capable d’infecter nos poumons via une porte d’entrée jamais identifiée
Un virus encore jamais répertorié, tapi chez une espèce de chauve-souris d’Afrique de l’Est, vient d’être identifié par une équipe de chercheurs britanniques et kényans. Le plus troublant : il serait capable de s’introduire dans nos cellules pulmonaires et intestinales par un mécanisme totalement inédit. Aucun coronavirus connu n’avait emprunté cette voie auparavant. Faut-il s’en inquiéter ? La réponse est plus nuancée qu’il n’y paraît.
Un virus découvert sans jamais être manipulé en laboratoire
La trouvaille a été publiée dans la revue Nature fin avril 2026. Mais contrairement à ce qu’on pourrait imaginer, personne n’a manipulé de virus vivant. Les scientifiques ont utilisé Genbank, une immense base de données publique qui recense des millions de séquences génétiques connues. Ils y ont repéré un coronavirus encore non décrit, baptisé CcCoV-KY43.
Plutôt que d’importer l’agent pathogène au Royaume-Uni, l’équipe a synthétisé uniquement sa protéine Spike — cette fameuse clé moléculaire que le grand public a appris à connaître avec le Covid-19. Cette protéine a ensuite été confrontée à une bibliothèque de récepteurs cellulaires humains pour voir si elle pouvait s’y accrocher.
Résultat : le CcCoV-KY43 se lie à un récepteur appelé CEACAM6, une glycoprotéine présente dans nos poumons et notre intestin. Or, aucun coronavirus répertorié jusqu’ici n’avait jamais utilisé cette porte d’entrée. Voilà pourquoi la communauté scientifique prend cette découverte très au sérieux — même si le virus n’a pas encore franchi la barrière de l’espèce.
La chauve-souris au nez en forme de cœur
Le réservoir naturel de ce coronavirus porte un nom aussi poétique qu’improbable : Cardioderma cor, littéralement la chauve-souris « à nez en cœur ». C’est une espèce insectivore que l’on retrouve principalement en Afrique de l’Est, de l’est du Soudan au nord de la Tanzanie. Écologiquement importante, elle joue un rôle clé dans la régulation des populations d’insectes de la région.
Les chauves-souris sont considérées depuis longtemps comme l’un des principaux réservoirs naturels de coronavirus dans le monde. Le SARS-CoV-1, responsable de l’épidémie de 2003, provenait très probablement de chauves-souris chinoises. Le SARS-CoV-2, à l’origine du Covid-19, est lui aussi suspecté d’avoir un ancêtre chiroptère. Mais cette fois, c’est en Afrique de l’Est que l’alerte est donnée — une zone géographique jusqu’ici peu surveillée pour ce type de menace virale.
Ce n’est pas la première fois qu’un pathogène potentiellement dangereux émerge de la faune sauvage. Les rats, les oiseaux ou encore les porcs sont régulièrement impliqués dans des épisodes de transmission zoonotique — ce terme désignant le passage d’un virus de l’animal à l’humain. Mais ce qui rend le CcCoV-KY43 particulier, c’est justement la voie d’entrée qu’il emprunte.
CEACAM6 : pourquoi cette porte d’entrée change la donne
Jusqu’à présent, les coronavirus connus pour infecter l’humain utilisaient principalement deux récepteurs : ACE2 (la porte d’entrée du SARS-CoV-2) et DPP4 (celle du MERS-CoV). Les scientifiques concentraient donc leur surveillance sur ces deux cibles. L’identification de CEACAM6 comme troisième voie possible rebat les cartes.
Le récepteur CEACAM6 est une glycoprotéine exprimée à la surface de cellules dans plusieurs organes — les poumons, l’intestin, mais aussi certaines muqueuses. Sa présence dans les voies respiratoires est évidemment ce qui inquiète le plus les virologues. Un virus capable de s’y fixer pourrait théoriquement provoquer une infection pulmonaire, à l’image de ce qu’a fait le Covid-19.
« Non seulement nous avons découvert le nouveau récepteur du coronavirus dans les cellules humaines avant toute transmission du virus à la population, mais l’étude a été réalisée en utilisant seulement un fragment du virus plutôt que l’agent pathogène entier », a précisé le Dr Giulia Gallo, spécialiste des glycoprotéines virales et auteure principale de l’étude, dans un communiqué.
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En clair : les chercheurs ont identifié la serrure avant même que le cambrioleur ne tente de l’utiliser. C’est une première dans l’histoire de la surveillance des coronavirus. Et c’est précisément ce qui rend cette découverte aussi précieuse qu’elle est préoccupante.
Faut-il craindre une nouvelle pandémie ?
C’est la question que tout le monde se pose, cinq ans après la crise sanitaire mondiale. La réponse, à ce stade, est rassurante. Les tests préliminaires menés au Kenya sur la population locale n’ont révélé aucun cas d’infection humaine par le CcCoV-KY43. Le virus n’a, pour l’instant, pas franchi la barrière des espèces.
Un coronavirus capable de se lier à un récepteur humain en laboratoire n’est pas nécessairement capable de provoquer une infection dans la vie réelle. Il faudrait pour cela que le virus puisse se répliquer efficacement dans les cellules humaines, échapper au système immunitaire, puis se transmettre d’une personne à l’autre. Aucune de ces étapes n’a été démontrée.
Mais le Dr James Nyagwange, co-auteur de l’étude, tempère cet optimisme : « Notre article met en évidence la nécessité de poursuivre les recherches en Afrique de l’Est afin de mieux comprendre le risque posé par l’ensemble des virus capables d’utiliser ce récepteur humain. » Selon lui, cette connaissance permettra à terme de se préparer à d’éventuelles pandémies futures et de développer des vaccins et des antiviraux ciblés.
Une méthode qui pourrait tout changer dans la chasse aux virus
Au-delà du virus lui-même, c’est la technique utilisée qui impressionne la communauté scientifique. Plutôt que d’attendre qu’un pathogène provoque une épidémie pour l’étudier, les chercheurs ont inversé la logique. Ils ont scanné des bases de données génétiques existantes, identifié des protéines suspectes, puis testé leur compatibilité avec les récepteurs humains — le tout sans jamais manipuler de virus vivant.
Cette approche informatique pourrait devenir un outil majeur de prévention. L’équipe entend désormais l’appliquer à d’autres familles virales pour débusquer de potentiels agents pathogènes avant qu’ils n’émergent. En cartographiant les récepteurs humains vulnérables, on pourrait anticiper les menaces au lieu de courir après elles — un changement de paradigme dans la virologie mondiale.
Les zoonoses — ces maladies transmises de l’animal à l’humain — sont responsables des plus grandes crises sanitaires récentes. La grippe aviaire, le virus Nipah, le H9N2 ou encore le mpox rappellent régulièrement que la frontière entre monde animal et monde humain est bien plus poreuse qu’on ne le croit. La découverte du CcCoV-KY43 n’est pas une mauvaise nouvelle en soi. C’est peut-être même le signe que la science apprend enfin à prendre un coup d’avance.
Reste une question cruciale : combien d’autres virus, blottis dans des espèces sauvages aux quatre coins du monde, possèdent déjà la clé pour entrer dans nos cellules — sans que personne ne le sache encore ?